A magyarság már Levédiában megismerkedett a keresztény vallással. A honfoglalás után a bajor papok is térítéssel kísérleteztek, a rendszeres térítés azonban Szent Adalbert missziós munkájával vette kezdetét. Az évezred első századában a vallásos élet megújult, az egyház a hitélet és erkölcsök megtisztítására, a papi fegyelem helyreállítására törekedett. Az egyház reneszánszát élte és a szellemi mozgalom központja a Franciaországban levő Cluny rendház és képviselői, a Szent Benedek szerzetesei voltak. A bencés szerzetesek Szent Odilio apát útmutatása szerint térítő, oktató, gazdasági és tudományos munkát végeztek. A politikára is befolyást gyakoroltak. Ez a szellemi irányzat fejtette ki térítő, oktató tevékenységét István idejében Magyarországon. Ebből az iskolából került ki Szent Adalbert püspök is, aki István királyra nagy szellemi hatással volt. Szent István egyházi ügyekben ugyanazon jogokat gyakorolta, mint a többi keresztény király. A király szabadon intézkedett egyházi ügyekben, alapított érsekséget, püspökséget, kolostorokat, megállapította területi hatáskörüket. A királyoknak ez a hatásköre felkenésükből, Istentől kapott hivatásukból ered, amelynél fogva a Király a kereszténység védője. A másik alapja ennek a hatáskörnek a földesúri kegyúri jog. A földesúr az általa épített templom tulajdonosává vált, azzal rendelkezhetett, de hivatásától nem vonhatta el. Ilyen eljárás kiátkozással járt. A földesúr a plébánost a püspök megkérdezése nélkül is kinevezhette. Ez a szokásjog érvényesült akkor is, amikor ezt az egyházi zsinatok tiltották.
István király tíz egyházmegyét alapított: az esztergomi és a kalocsai érsekséget, a váci, a győri, a veszprémi, a pécsi, az egri, a csanádi, a váradi és az erdélyi püspökséget. Szent László, illetve Kálmán idejében a zágrábi és a nyitrai, a XIII. század elején a szerémi, a milkói, a boszniai, továbbá a zenggi és korbaviai horvát püspökséget. A püspököt munkájában a kanonokok testülete segítette, a székeskáptalan élén a préposttal. Az egyházmegyék főesperesi kerületekre tagozódtak. Az egyházmegyék, káptalanok, kolostorok több falut is magába foglaló földadományban részesültek. A falusi plébániák felszereléséről a király és a püspök gondoskodott, a plébánia papságáról pedig a falu. Mindezen felül István elrendelte a termények után járó egyházi tized - dézsma - fizetését. Ezek a törvények a német és olasz törvényekből kerültek át a mi törvényhozásunkba. Az egyház és állam szoros kapcsolata folytán a főpapok az állam közigazgatásában és törvényalkotásban is szerepet kaptak. Nagy szerepük volt az új politikai szervezet kiépítésében, valamint az új gazdasági és szellemi élet kialakításában.
Az egyház és állam viszonya a nyugati államokhoz hasonló módon alakult. Az egyházi élet megújulását szolgáló Cluny-mozgalom és az ebből eredő küzdelem a papság és a császárság között nem maradt hatás nélkül nálunk sem. A főpapi tisztségek betöltésénél az uralkodók nem az alkalmasságot, hanem a politikai szempontokat tartották szem előtt. Az egyházi hivatallal való rendelkezést is biztosító investitura miatt indított harcot VII. Gergely IV. Henrik császár ellen, és kiátkozás terhe mellett megtiltotta, hogy egyházi személy világi adományozótól püspökséget vagy apátságot fogadjon el. Az évtizedeken át tartó küzdelem a Wormsi konkordátummal végződött: a császár lemondott az investituráról, és minden egyházi testületnek megadta a szabad választás jogát. A pápa viszont megengedte, hogy a választás a császár vagy képviselője jelenlétében történjen. Kétes választás esetén a pápa adja a beleegyezését. Kálmán az investitura-harcban a pápa oldalán állott, 1106-ban lemondott az investitura eddig gyakorolt módjáról. A XIII. századtól kezdve a főpapi székek betöltésénél a kánoni szabályok érvényesültek. A püspököt a káptalan, az apátot a konvent választotta. A megválasztottat a király erősítette meg, és miután a püspök átvette az egyházmegyéjét, kérte a pápa megerősítését, amikor is a szentszék tüzetesen megvizsgálta a választás lefolyását és a megválasztott személy alkalmasságát, hogy megfelel-e a kánoni törvényeknek. Kettős választás esetén a pápa döntött. Mátyás és a Jagellók alatt előfordult, hogy a király megszegve a kánoni előírásokat, szabadon adományozott püspökségeket. Werbőczy Hármaskönyve szerint a kegyúri jogot, a nevezés, a választás és adományozás jogát a magyar királyok megszerezték azzal, hogy ők alapították ezeket az egyházakat, ők terjesztették el a kereszténységet, elévülés folytán, mert e jogot 500 éve gyakorolták a konstanti zsinat megerősítése révén.
Werbőczy okfejtése nem felel meg az elfogadott kánoni szabályoknak és a történeti fejlődésnek, mégis nagy hatást gyakorolt a későbbi századokban az egyházi ügyekben kialakult nézetekre. A kettős királyság alatt mind János, mind Ferdinánd gyakorolta a királyi fő-kegyúri jogokat, kinevezte, áthelyezte a püspököket, rendelkeztek püspöki javadalmakkal, azokat illetéktelen személyeknek adták. A Szentszék ismételten megállapította, hogy a magyar király kegyúri jogai nem jelentenek nagyobb jogosítványt, mint amivel más keresztény uralkodó rendelkezik. A véleményeltérés megnehezítette a püspöki székek betöltését, ami a hitéletet károsan befolyásolta. Káros volt ez a helyzet különösen a török kiűzése után az ország újjászervezése során. A Szentszék és a bécsi udvar között fennálló nézetkülönbséget növelte az 1644-ben közzétett bulla, amely szerint II. Szilveszter pápa széleskörű hatáskörrel ruházta fel Szent Istvánt, amikor őt legátusává kinevezte. A Szentszék a bulla eredetiségét kétségbe vonta. Eckhart Ferenc szerint a XIX. századi okmánykritika arra a következtetésre jutott, hogy a bulla későkori hamisítvány.